滅菌物品的裝載:滅菌柜內裝載物品的上、下、左、右四面應留有縫隙(滅菌物品不能接觸柜壁)，物品應放在金屬網籃或金屬網架上；物品的裝載容量不得超過機柜總體積的80%。

滅菌處理:應按照環氧乙烷滅菌器制造商的操作說明進行。根據滅菌物品的不同類型、包裝、裝載和方法，選擇合適的滅菌參數。

濃度、溫度與殺菌時間的關系:在一定范圍內，殺菌時間可以隨著溫度和濃度的增加而縮短。使用環氧乙烷滅菌時，必須合理選擇溫度、濃度和時間參數。

控制滅菌環境的相對濕度和物品的含水量:細菌的含水量和滅菌物品的含水量對環氧乙烷的滅菌效果有顯著影響。一般來說，相對濕度為60% ~ 80%。含水量過少會影響環氧乙烷的滲透和環氧乙烷的烷基化，從而降低其殺菌能力。如果含水量過高，環氧乙烷會被稀釋和水解，這也會影響殺菌效果。為了達到理想的濕度水平，好的步驟是消毒材料必須預先濕潤，通常要求消毒材料在相對濕度為50%的環境條件下放置至少2小時。兩步加濕裝置可用于確保機柜中的理想濕度水平。

環氧乙烷滅菌前物品準備與包裝: 需滅菌的物品必須徹底清洗干凈，注意不能用生理鹽水清洗，滅菌物品上不能有水滴或水份太多，以免造成環氧乙烷稀釋和水解。環氧乙烷幾乎可用于所有醫療用品的滅菌，但不適用于食品、液體、油脂類、滑石粉和動物飼料等的滅菌。適合于環氧乙烷滅菌的包裝材料有紙、復合透析紙、布、無紡布、通氣型硬質容器、聚乙烯等；不能用于環氧乙烷滅菌的包裝材料有金屬箔、聚氯乙烯、玻璃紙、尼龍、聚酯、聚偏二氯乙烯、不能通透的聚丙烯。改變包裝材料應作驗證，以保證被滅菌物品滅菌的可靠性。

注意菌體外保護物對滅菌效果的影響: 菌體表面含有的有機物越多，越難殺滅；有機物不僅可影響環氧乙烷的穿透，而且可消耗部分環氧乙烷。在無機鹽或有機物晶體中的微生物，用環氧乙烷難以殺滅。因此進行環氧乙烷滅菌前，必須將物品上有機和無機污物充分清洗干凈，以保證滅菌成功。